Ich kenne jetzt das CDT von Eclipse nicht so gut, aber ein ANT Build sollte, wenn Du nach und nach einzelne Dateien anlegst und die Funktionen in diese Dateien auslagerst, das automatisch machen.

Speicht: Du legst eine neue .c-Datei an, kopierst dann eine Funktion aus der "großen" DAtei da rein und löschst die Funktion in der großen Datei. Den Rest macht dann (hoffentlich) ANT.

Ansonsten kannst Du Dir selbst ein Makefile schreiben, es gibt - insbesondere im Linux-Kernel - da schöne Beispiele, die eine beliebige Menge von .c-Dateien in .o-Übersetzen und alle .o zu einem executable oder einer lib linken.