Fusebits musst du keine umstellen.
"Config Pinx.y = Output" stimmt doch. Da habe ich mich vertan.
Hat der Timer1 des ATMega8 eine 10bit Auflösung? Schau das nochmal im Datenblatt nach.
Probiere mal anstatt dem Tiefpass eine LED anzuschließen. Leuchtet die heller, bzw. dunkler, dann funktioniert das mit dem PWM. Dann hast du im Tiefpass einen Fehler.

jon