ich hab jetzt mal die Interrupts für den Timer0-Compare rausgeschmissen, verändert hat das leider nix. Der Tiyn25 läuft mit 8MHz.
meine Vermutung ist das der compiler das wegoptimiert. Leider sind meine letzten Kontakte mit Assembler zu lange her.

Hier mal der ASM Output:

Code:
test-timer.o:     file format elf32-avr

Disassembly of section .text:

00000000 <main>:

// Zähler für IRQs
volatile uint8_t i=0;
 
int main(void) {
   0:	c0 e0       	ldi	r28, 0x00	; 0
   2:	d0 e0       	ldi	r29, 0x00	; 0
   4:	de bf       	out	0x3e, r29	; 62
   6:	cd bf       	out	0x3d, r28	; 61

	// Ausgänge setzen
	DDRB |= ((1 << PB2) | (1 << PB3) | (1 << PB1));
   8:	87 b3       	in	r24, 0x17	; 23
   a:	8e 60       	ori	r24, 0x0E	; 14
   c:	87 bb       	out	0x17, r24	; 23

	//Action-Flags
	EveryMinuteFlag = 1;
   e:	81 e0       	ldi	r24, 0x01	; 1
  10:	80 93 00 00 	sts	0x0000, r24
    
	// Timer0 Prescaler 1024
	TCCR0B |= ((1<<CS02) | (0<<CS01) | (1<<CS00));		 
  14:	83 b7       	in	r24, 0x33	; 51
  16:	85 60       	ori	r24, 0x05	; 5
  18:	83 bf       	out	0x33, r24	; 51


	// Interrupts für Timer0 bei Overflow
	TIMSK |= (1<<TOIE0);

	// Interrupts aktivieren
	sei();
  1a:	89 b7       	in	r24, 0x39	; 57
  1c:	82 60       	ori	r24, 0x02	; 2
  1e:	89 bf       	out	0x39, r24	; 57

	while (1) {

  20:	78 94       	sei
  22:	a8 ee       	ldi	r26, 0xE8	; 232
  24:	b3 e0       	ldi	r27, 0x03	; 3
  26:	c0 e0       	ldi	r28, 0x00	; 0
  28:	d0 e0       	ldi	r29, 0x00	; 0
		if (EveryMinuteFlag) {

			// LED blinken lassen
			PORTB |= ( 1 << PB2 );            
  2a:	80 91 00 00 	lds	r24, 0x0000
  2e:	88 23       	and	r24, r24
  30:	e1 f3       	breq	.-8      	; 0x2a <main+0x2a>
	        	_delay_ms(5);
			PORTB &= ~( 1 << PB2 );            

  32:	c2 9a       	sbi	0x18, 2	; 24
 */
void
_delay_loop_2(uint16_t __count)
{
	__asm__ volatile (
  34:	8a 2f       	mov	r24, r26
  36:	9b 2f       	mov	r25, r27
  38:	01 97       	sbiw	r24, 0x01	; 1
  3a:	f1 f7       	brne	.-4      	; 0x38 <main+0x38>
			EveryMinuteFlag = 0;
		}
  3c:	c2 98       	cbi	0x18, 2	; 24

   	}
  3e:	10 92 00 00 	sts	0x0000, r1
  42:	f3 cf       	rjmp	.-26     	; 0x2a <main+0x2a>

00000044 <__vector_5>:
}

SIGNAL (SIG_OVERFLOW0) 
{
	i++;
	if (i==250) {
		EveryMinuteFlag=1;
  44:	1f 92       	push	r1
  46:	0f 92       	push	r0
  48:	0f b6       	in	r0, 0x3f	; 63
  4a:	0f 92       	push	r0
  4c:	11 24       	eor	r1, r1
  4e:	8f 93       	push	r24
		i=0;
  50:	80 91 00 00 	lds	r24, 0x0000
  54:	8f 5f       	subi	r24, 0xFF	; 255
  56:	80 93 00 00 	sts	0x0000, r24
	}
  5a:	80 91 00 00 	lds	r24, 0x0000
  5e:	81 30       	cpi	r24, 0x01	; 1
  60:	21 f4       	brne	.+8      	; 0x6a <__vector_5+0x26>
} 
  62:	80 93 00 00 	sts	0x0000, r24
  66:	10 92 00 00 	sts	0x0000, r1
  6a:	8f 91       	pop	r24
  6c:	0f 90       	pop	r0
  6e:	0f be       	out	0x3f, r0	; 63
  70:	0f 90       	pop	r0
  72:	1f 90       	pop	r1
  74:	18 95       	reti