hi m.a.r.v.i.n,
so stand es in deinem code:
DDRD &= ~((1<<PD2)|(1<<PD6)); // roten und gelben Taster als Eingang definieren
DDRB &= ~(1<<PB3); // blauen Taster als Eingang definieren

DDRD &= ~((1<<PD2)|(0<<PD6)); // roten und gelben Taster als ausgang definieren
DDRB &= ~(1<<PB3); // blauen Taster als ausgang definieren
ist es nicht so, dass ich bei allen drei pins mit einer "1" auf eingang schalte und mit einer "0" auf ausgang?

bei dem hier:

DDRD &= ~((0<<PD2)|(0<<PD6));
DDRB &= ~(0<<PB3);
wie kann ich an der hardware erkennen, dass es nicht richtig ist? Also dass der pin 2 und 3 - da habe im gegensatz zu deiner version ja die nullen eingesetzt - nun nicht als ausgänge definiert sind? Eine (irgendwelche) fehlermeldung beim compilieren, oder eine fehlfunktion konnte ich nicht beobachten...

Zum löschen von Bits wird eine 1 an die entsprechende Stelle geschoben. Dann wird das ganze bitweise negiert und mit dem aktuellen Wert UND-verknüft.
das verstehe ich nicht: oben im ersten umstellen wird doch mit 3 "1" auf eingang geändert? Oder verwechsle ich da was?