du suchst im falschen ordner.
Der C-Code kommt nämlich von WinAVR und nicht vom Atmel AVR-Studio.

#include <avr/io.h>

sucht im standard-include-verzeichnis von WinAVR und das ist etwa:

C:\WinAVR\avr\include\

da findet er dann auch die
C:\WinAVR\avr\include\avr\io.h

/mfg plusminus