Probier mal den CODE für AVR Studio 4.
Dein Code schaltet zwar Portb kurz ein aber dann sofort wieder aus!
Der Interrupt wird also durchlaufen, nur Du merkst ausser einem sehr kurzen Impuls an PORTB nichts davon. Dein Interrupt wird bei einer Quarzfrequenz von 4MHz alle 512 µsec aufgerufen, was einer Frequenz von ca. 1000 Hz entspricht.
Ich hab auch noch die verwendeten Register auf dem Stack gesichert.
PORTB,3 has Du anscheinend mit einer Sonderfunktion belegt, der ist bei mir dauerhaft 0 im simulator!
Code:
.include    "m8def.inc"


;------------------------------------------------------------------------
;Reset and Interrupt vector             ;VNr.  Beschreibung

;Start, Power ON, Reset



;-----------------------------------------------------------------------
.cseg
.org 0

	rjmp   reset

.cseg
.org 3

   rjmp   interrupt

   
reset:   ldi   r16,low(RAMEND)
   out   SPL,r16
   ldi   r16,high(RAMEND)
   out   SPH,r16
   ldi   r16,0b11111111
   out   DDRB,r16
   
   ldi   r16,255   ;compare value
   out   OCR2,r16
   ldi   r16,0b00100010   ;CTC - PRS 8
   out   TCCR2,r16
   ldi   r16,0b10000000   ;Interrupt enable
   out   TIMSK,r16
   sei      ;global int. enable
   ldi   r17,0b00000000
   ldi   r18,0b11111111
   ;Hier Init-Code eintragen.
;------------------------------------------------------------------------

mainloop:   wdr


   rjmp   mainloop

interrupt:
;toggle Port B
	PUSH r16
	IN R16,SREG
	PUSH r16
   	PUSH r18
   	LDI r18,0xFF
	In   r16,PORTB
   	EOR   r16,r18
   	out   PORTB,r16
	POP r18
	POP r16
	OUT SREG,r16
	POP r16
   reti