Danke zunächst mal für die Antworten. Die Motoren sind (sollten) gut sein. Es sind Faulhaber Motoren.

Die Frage ist nun warum laufen die unteschiedlich. Kann es daran liegen das ich das PWM Signal für die linke Hälfte der H-Brücke durch einen inverter erzeuge? Die linke Seite hängt somit immer ein bischen, um die Gatterlaufzeit des Inverters, der rechten nach.

Edit:
Die PWM Frequenz liegt bei ca 90kHz und als Inverter habe ich ein 74LS04 verwendet.