Damit die Led beim start nicht angeht, mußt Du sie wohl am Anfang ausschalten
PORTD = 0xFF;
Für den Timer mußt Du den Interrupt noch einschalten, guck mal im Register TIMSK nach, ich meine TOIE0 ?

Gruß Sebastian

P.S. irgendwie fehlt da noch die Endlosschleife Dein Controller läuft Amok