GND vom µC gehört mit GND vom DCF77 zusammen; das ist der gemeinsame Bezugspunkt.
Mit der Diode 'schwebt' das DCF77-Modul um 0,7V 'in der Luft', es gibt keinen Bezugspunkt. Wie soll der µC ein 'schwebendes' Ausgangssignal sauber erkennen.
Du kannst die Diode in die Plus-Leitung einbauen.