Für eine normale Frequenzmessung kann man das Toggle weglassen.
Ich hab das bei mir verwendet, weil ich damit das IR-Signal von Fernbedienungen aufgenommen habe, und da braucht man beide Richtungen.

Der Timer zählt immer weiter, deshalb gibts die Capture-Funktion, da wird beim erkennen der Flanke der Timer-Wert in das Capture-Register übertragen, und kann in Ruhe ausgelesen werden.
Ich stelle den Timer dann wieder auf 0, damit ich nicht auch noch rechnen muss (neuer Wert minus alter Wert usw.), wenn man den weiterlaufen lassen würde !
Je nach Prescaler kann es aber sein, das bis zum erreichen der Zeile in dem der Timer auf 0 gesetzt wird, dieser schon weitergezählt hat, diesen Fehler muss man evtl. in Erfahrung bringen und den Timer nicht auf 0 sondern einen höheren Wert setzen !
Bei mir wars egal ob der Wert eins mehr oder weniger hatte.