Naja .. das optimale wirds wohl nicht sein, wie oben schon gesagt, includiert man keine Quellcode-Dateien, diese werden mit kompiliert und das wird im Makefile festgelegt. Du musst AVRStudio wohl beibringen, diese i2cmaster.c mit in das Projekt einzufügen, wie auch immer.

Viele Grüße
CsT