Um WinAVR kommt man im Hobbybereich nicht drum herum. Das hat einfache Gründe:
1) WinAVR ist OpenSource und damit kostenlos/preiswert verfügbar
2) WinAVR versucht sich an bestehende Standards zu halten (ANSI C99)
3) Die GCC ist für diverseste Platformen erhältlich... das Teil ist wahrscheinlich für alles erhältlich, was Nullen und Einsen verarbeiten kann
4) Die GCC ist DIE Compiler Toolsuite für quasi alle Linux-Systeme
5) Viele Projekte sind im Netz für den AVR-GCC verfügbar

Leider ist die Einarbeitung sehr viel aufwändiger als bei anderen Compilern, aber es lohnt sich.

Gruß,
SIGINT