Hallo,

beim Layout sehe ich drei Probleme:
1. C4 (100µF) sollte entfallen, statt dessen lieber 100..330nF Keramisch.
2. Die Massen sind lang und dünn, löte wenigstens dicken Draht drauf.
3. Die 5V-Zuführung ist auch sehr dünn -> verstärken!

Hast Du die 5V mit einem (leidlichen schnellen) Oszilloskop überprüft?
Ich vermute einen schwingenden 7805 (wegen C4) und/oder massive
Einbrüche der VCC direkt am CPLD wegen der dünnen Leitbahnen.
Die Spitzenströme liegen bei min. 100mA, mit sehr schnellen Flanken,
dadurch entstehen bei schlechter Versorgung EInbrüche im Volt-Bereich!

Ahoi, Martin