Ich meinte mit Timer2, wenn Du den Timer1 für das zählen verwenden willst, bleibt nur der Timer2 übrig um damit ein PWM hinzubekommen.
Der hat aber nur einen OC-Ausgang, Du verwendest aber scheinbar 2 Motoren, weshalb der Timer2 nicht direkt als PWM-Erzeuger verwendet werden kann.
Deshalb könnte man den Timer2 so einstellen wie das beim Servo-Befehl auch gemacht wird, ca. alle 10µs das PWM-Signal updaten, dH., der Timer muss alle 10µs einen IRQ auslösen, in dessen ISR dann das PWM-Signal auf einen Ausgang gelegt wird, und entsprechend irgendwelchen Variablen gesetzt oder gelöscht wird. Ob 10µs reichen weiss ich aber auch nicht.