Also ich würde den schönen 16Bit Timer1 mit PWM nicht für so popeliges zählen verschwenden, vor allem wenn PWM gebraucht wird [-X
Kannst Du nicht den ein oder andern Draht tauschen, damit Du auf einen INTx-Pin kommst ?

Ansonsten wäre da noch der Timer2 übrig, kannst du ja mal ausrechnen ob Du mit dessen 8Bit breite eine gescheite PWM Auflösung hinbekommst.
Geht bestimmt, aber alles per Hand zählen, und das gleich 2mal.
Schau mal beim Servo-Befehl, so in der Richtung geht das dann hier auch, nur der Servo-Befehl selber geht nicht, weil mit dem keine 100% erreicht werden können. Sondern nur etwa 0-10%.