Als aller erstes must du dich entscheiden ob du zeit für einen Interrupt hast. Wenn ja kannst du kannst alle PIN´s nehmen, wenn nein sind nur Timer Ausgänge möglich. Ich persönlich bevorzuge die Hardware PWM bei der man im Programm nicht unterbrochen wird und man an definierten stellen im Programm Änderungen machen kann, den während eines Interrupt kann kein Interrupt ausgelöst werden z.B. Daten von der SPI Schnittstelle.