Wenn es nicht potentialfrei bleiben muss, kannst du auch sicher die beiden GNDs verbinden. Hängt aber von der Schaltung ab.
Eine Frage nebenbei.
Wird der Fahrtregler direkt vom Poti gesteuert oder erzeugt das Poti an einem IC u.U. ein PWM Signal mit unterschiedlichem Puls-Pausen Verhältnis sodass das Multimeter eine "Falsche" Spannung anzeigt?