Hallo

das ist in Eagle (beim erstellen des Schaltplans) einfach nur eine andere Anordnung der Pins um die Übersichtlichkeit zu erhöhen. (d.h. in der Regel die ganzen Ports rechts und die anderen Pins, wie Takt, Spannungsversorgung eben links).
Wenn du später das Platinenlayout machst ist dann die Anordnung der Pins wie im Datenblatt beschrieben.
Hoffe das war deine Frage.