Zum einen mit dem Timer Capture input der dann den Abstand zwischen 2 Flanken misst. Fällt der Abstand zu gross aus ist die LS offen.
Oder du nimmst einen Interrupt Eingang und setzt ein Flag und zhhlst die Timerimpulse zwischen 2 Auslösungen - wird der Wert zugros ist die Schranke offen. Das bietet sich an wenn der Timer ohnehin ein Zeittaktsignal liefert und der Capture Eingang nicht verwendet werden kann.

Andere Möglichkeit als hardwarevariante ist ein Banfpassfilter mit RC Glied am Ausgang.
Da der Abstand zwischen L-Sender und Empfänger ja gering ist geht auch ein ExOr gatter. Ein Eingang bekommt die Taktfreq der LED der andere an den Empfänger. Das würde vor allem Sinn machen wenn mehrere Sensoren abgefragt werden sollten.