1. Wenn die Batterie eine Spannung von 5Volt hat, dann sind es nach dem Spannungsregler deutlich weniger als 5Volt.
2. die Btterie, wenn sie 5Volt hat, hat am Pluspol 5Volt und am Minuspol 0Volt. Wären das man Minuspol -5Volt, würde der Spannungregler nur misst machen oder die Steuerelektronik (µC) abrauchen. Du würdest dann nämlich an GND und VCC des µCs eine Spannung von 10Volt mit einem Multimerter messen. Das macht der µC nicht mit.
3. Wenn du zwei 4700µF kondenatoren verwendest, ist deine Batterie verdammt schnell leer, da die zum aufladen recht viel Strom ziehen. Nimm lieber einen 1000µF Kondensator. Sollte erstmal reichen. Wenn die Schaltung mehr als 1A zieht, kannst du einen weiteren 1000µF Kondensator in Reihe einbauen.
4. An den µC sollte noch ganz dicht ein 100nF Keramikkondensator dran.

jon