Wenn du abwechselnd +9V auf 1 und 4 legst und der Motor dreht sich dann, dann hast du nach deiner Beschreibung alles falsch. Die Motor-Eingäng 1 und 4 gehören auf +9V, 2 auf Digital-Out 1 und 3 auf Digital-Out 2. Schau dir mal die Schaltung des ULN2803 an, dann wird es dir klar sein.
Mit der Spannung an CLAMP aktivierst du die Freilaufdioden des ULN2803.
Pull-Up Widerstände brauchst du keine, die sind bei den PWM-Ausgänge notwendig wenn sie in der Folgeschaltung nicht enthalten sind.
Hubert