mein AVR läuft mit ner spannung von unter 3V. ich programmiere aber mit 5V, ohne das die 5V bei vcc anliegen. das heißt:
AVR VCC:<3V
MISO,...:5V

funktioniert auch, is noch nichts kaputt gegangen. ob das bei allen pins so ist weiß ich nicht, müsste es aber (was spricht dagegen?). ich hoffe ich hab dich richtig verstanden und das hilft dir weiter.