Die Frage ist noch etwas unklar.

Der Timer1 bei nem ATMega16 z.B. ist ein 16 bit Timer. Der kann bis 2 hoch 16 zählen. also von 0 bis 65535.
Mit nem 8Mhz Quarz und nem Prescaler (Teiler von 256) wird der Timer mit 8MHz/256= 31250 Hz getaktet. Das heißt ein inkrement des Timers dauert 1/31250Hz = 32 us. Wenn er bis 65535 Zählen soll sind das also 2,09 Sekunden.
Mit dem OCR1A bzw OCR1B kannst du dir einen Interupt erzeugen wenn eine bestimmte Zeit vergangen ist. Z.B für 1 Sekunde und einem Prescaler von 256. 1s/32us= 31250 ( ). Somit kannst du eine 31250 in OCR1A laden und bekommst nen Interrupt nach einer Sekunde nach Timerstart.

Ich hoffe ich hab die Frage damit erschlagen.