Wenn der Lader eh an einer anderen spannungsquelle hängt (12V),
brauchst du keinen extra 5V spannungsregler.
So genau sind deine akkus nicht, dass das lohnt (0,01V ??)

Die einizige Last die stören könnte ist der ladeblock,
mußt nur den 5V regler für deinen ic richtig entstören und puffern.
Genauer wird dein adc bei gleichen Bauteilen mit nem extra regler nur dafür auch nicht.

edit: die spannung brauchst du nur über dem shunt messen, nicht über dem gesamten akku+shunt.
Der stromfluß ist auch im shunt gleich
Der spannungsabfall über dem shunt ist proportional zum stromfluß.