Dafür gibt es unzählige Lösungen. Die einfachste wäre: Deine SD-Karte ist 5V-tolerant, prüfe das. Die nächtbeste: Du setzt zwischen uC und SD einen Pegelwandler, die einfachste Variante hierzu: HCT-ICs mit 5V betrieben wandeln recht sicher 3,3V-Signale in 5V-Signale, für Anwendungen, bei denen die 5V-Eingänge mit den High-Pegeln der 3,3V-Ausgänge nicht klarkommen. In die andere Richtung nimmst Du 5V-tolerante ICs, ich glaube, die LVX-Serie hatte da einiges zu bieten. Ich habe einen 74LVX244 genommen, um einen SPI-Bus und diverse Chipselects von einem 5V-ATmega für 3,3V-Peripherie zu wandeln. In die MISO-Leitung habe ich einen Single-Chip-74HCT08 gesetzt, der das 3,3V-High auf ein sicheres 5V-High umsetzt.