na so,
da du die Preload-Register offenbar nicht verwendest, nehme ich wie von kalledom bereits geschrieben, an, dass ein Durchgang des Timers 55.296ms benötigt. Da aber 55.269*18=995.328ms gibt, ist noch nicht geklärt, wo der Fehler passiert ist, dass du empirisch nur 0.5sek erkennst.
So auf den ersten Blick kann ich mir nicht erklären, woran das liegen könnte. Aber wenn du sagst, dass du den internen Oszi verwendest, könnte das Problem eventuell an dessen Ungenauigkeit liegen. Ich hab zwar die Taktgenauigkeit eines internen Oszillators zwar noch nie überprüft, aber so vom hören-sagen soll die ja angeblich nicht gerade der Hit sein.
Vielleicht kannst du für das Blinklicht mal einen externen Quarz oder Oszillator nehmen und schauen, ob es sich verbessert. Aber wie gesagt; ist nur ne vermutung.

greez