Ja,es ist offensichtlich das der Leistungsteil für die Störungen verantwortlich ist und das die Versorgung der Komponennten kaum Entstöhrmaßnahmen besitzen (Annahme)

Die möglichen Maßnahmen hats du ja schon genannt.

Primär sind da drei Punkte die immer wieder auffallen.

Spannungsversorgngen von Leistungs- und Steuerteilen möglichst früh hinter der Energiequelle trennen.
Den Motorstrom mitten durch die Steuerschaltung zu treiben ist so Sinvoll wie eine Nervenklinik direkt in der Einflugschneise des Frankfurter Flughafens.

Da der Steuerteil in der Regel mit wesentlich weniger Energie betrieben wird als der Leistungsteil kann man diesen recht einfach entstören.

Stützelkos für Anlaufströme und verschiedene Kerkos (50,100,200nF Je nach Fall) für die Spikes sind meist schon sehr hilfreich.
Der Spannungsregler erledigt dann schon fast alleine den Rest.
Eine Induktivität in der Zuleitung (zb. 10µH.Wert ist auch hier Fallabhängig) ) bringt weitere Linderung.

Datenleitungen ,auch höherfrequente,sollte man besser Schützen.
Einige pF und ein kleiner Widerstand nebst Feritperle wirken manchmal wahre Wunder.
Gerade eine Servoleitung (Die Leitung zum Fahrtregler ist das Gleiche) ist ja oft länger und wirkt damit wie eine Antenne die jeden Dreck aufnimmt.
Hier ist eine Geschickte Verlegung,Ferite,Kondensatoren und ggf. eine Schirmung fällig.

Dann der Leistungsteil der ja der Verursacher ist.
Hier gilt das Gleiche.
Besonders Induktive Verbraucher sollten gut entstört sein.(Auch bürstenlose Motoren "Senden" etwas)
Ein guter Stützelko (Statt einem Großen lieber mehrere kleine mit guten ESR-Eigenschaften.Beispiel siehe PC-Mainboard am CPU-Sockel).direkt vor dem Fahrtregler macht Sinn.

Dazu sollten die Versorgungsleitungen entsprechend dem Strom (Impulsströme nicht vergessen) dimensioniert sein.
Lieber zu dicke Kabel als zu dünne,das mindert den Spannungsabfall und damit die Störamplituden.

Ein Besonderer Punkt in der Versorgung ist die Bezugsmasse.
Da man bei der Bastelei nur selten den Steuer- vom Lastkreis trennt steckt man in der Zwickmühle denn die Signale sind Massebezogen also darf man kein "Spinnennetz" bauen weils sonst zu schwingen anfangen kann aber eine Punktförmige Anbindung bringt oft zuviel Störungen.
Deswegen der Filteraufwand den ich beschrieben habe.

Wie gesagt ist das alles ziemlich Fallabhängig also lasse ich mich nicht festnageln.
Experimentier einwenig.