1. Ist dieser Takt die Quarzfrequenz, wie zB 16MHz?
Das ist ein Frequenzgemisch, wichtig ist, dass auch Frequenzanteile wesentlich höherer Frequenz vorhanden sind. Die Schaltvorgänge in MCs sind sehr steilflankig, also rechteckig, nicht sinusförmig. Dadurch entstehen entsprechend viele Anteile von höheren Frequenzen, weit über 100 MHz, selbst bei sehr niederfrequenten Schaltvorgängen.
Das beantwortet vermutlich auch Frage 2. Ein einzelner (rechteckiger) Schaltimpuls hat hochfrequente Anteile. Bei den hohen Frequenzen spielt schon die Induktivität eines Stückchens Leiterbahn eine Rolle, so ist auch der Hinweis von kalledom auf kurze Leiterbahnen zu verstehen.

Zu 3.: Elkos haben bauartbedingt eine relativ hohe Induktivität in der Zuleitung. Das stört bei hohen Frequenzen, weil die hohe Kapazität des Elkos quasi von einer Drossel aus Zuleitungskapazität abgeblockt ist. Keramische oder Folienkondensatoren haben ein besseres Hochfrequenzverhalten, trotz (nicht "wegen", wie ogni42 schreibt) der geringeren Nennkapazität ist bei hohen Frequenzen der Wechselstromwiderstand geringer.

Zu Spulen (oder in diesem Fall: Drosseln):
Es besteht die grundsätzliche Gefahr, dass bei Zusammenschaltung von Kondensatoren und Spulen Schwingkreise entstehen. Das kann sogar zu Spannungsüberhöhungen führen, die Sache also verschlimmbessern. Eine entsprechende Dämpfung wäre vorzusehen (z.B. durch parallelgeschalteten, niederohmigen Widerstand).
Einige Richtlinien zum Aufbau findet man z.B. hier (leider englisch), dort ist auch der Einsatz von Drosseln diskutiert:
http://www.atmel.com/dyn/resources/p...ts/doc1619.pdf

Motoren verhalten sich beim Schalten ähnlich wie eine Drossel. Im Wiki gibt es inzwischen einen Beitrag zur Entstörung von Motoren.