Wie T.J. sagt, ohne genauere Angaben können wir nur Raten und die Glaskugel befragen.

Aber um mal einige Fehlerquellen zu nennen, wieso ein Port-Eingang nicht funktionieren kann:
-) AD-Wadler: wenn der Chip so etwas hat, sicher, dass du ihn von Port A abgeschalten hast?
-) Comparator: betrifft, wenn ich mich so aus dem Stegreif erinnere nur den Port B, aber den schau an, weil normalerweise ist der beim Reset eingeschalten

Schau mal im Datenblatt auf der Übersicht, welcher Pin mit welchen Funktionen gemultiplext ist und dann beim betreffenden Kapitle, ob dieser auf abgeschalten UND von den Pins getrett ist (zB Comparator oder AD-Wandler sind ausgeschaltet, aber an die Pins "angeschlossen").
MfG
Mobius