Willst du wissen, wie du das Programm für den PC oder für den ATMega machen musst?

Für den PC wüsste ich es nicht. Aber beim ATMega könnte ich dir weiterhelfen:
Du musst eine Variable bestimmen.
Z.B. "PWM_Eingang". Diese solle ein Byte sein.
Nun fragst du mit dem Befehl "Input" ab, was am RX Pin kommt und schreibst den Inhalt in die Variable.
Danach musst du anstatt dem Wert die Variable "PWM_Eingang" eintragen und schon stellt sich die LED so, wie du es willst.

jon