Hi,
wirklich schönes und anspruchvolles Projekt.

Hier einige Anmerkungen:

Wäre es nicht doch einfacher den JTAG-Programmer über den PC-Parallelport zu realisieren oder vielleicht anzubieten?
Dann minimiert sich der HW-Aufwand und und man braucht keine Windows Treiber.
Der Programmieraufwand bleibt für Dich wahrscheinlich der gleiche, da wohl die Hauptarbeit sowieso in der Realisierung der JTAG-Chain liegt.
Vielleicht verhindern aber auch besondere Timing Vorgaben bei der JTAG-Clock daß der Parallelport benutzt werden kann.