Kurz nachdem ich das oben gepostet habe, habe ich das CTC1-Flag auch bemerkt.

Dazu habe ich noch den Interupt auf TOIE1 geändert und es klappt.

Die Genauigkeit muss ich aber noch bestimmen.

/edit
Beim setzen von OCR1C subtrahiere ich noch eine 1:
OCR1C = F_CPU / 512 / 100 - 1;

Und schon zeigt die Uhr die gewünschte Genauigkeit.
Nach 21Minuten ist keine Abweichung in Hundertstel zu bestimmen.

Danke.