Ja,ich verstehe auch nicht warum MCS den nicht mal solangsam unterstützt.
Ist ja von Atmel und lange genug ist er auch auf dem Markt.

Ich hatte mir den vor einigen Monaten geleistet und stand ebenfalls wie Ochs vorm Berg wennes Blitzt.

Nach einigem Nachdenken hatte ich dann einen Einfall.
Man kann nachlesen das der AVRISP Mkii im wesentlichen wie der STK500 USB funktioniert also hab ich ihn wie ein STK500 behandelt.

Also :

Beim Programmer den STK500 auswählen und die stk500.exe vom AVR Studio einbinden.
Dann noch die Com einstellen.
Normalerweise die erste freie nach den schon belegten. (Im System nachsehen.Bei mir Com3)
In der USB-Option sollte schon die USB-Serial stehen (12 Stellig)
Die Baudrate hat hier keinen Effekt.Spielt also keine Rolle was drinn steht.

Für Fuse-/Lockbits und andere Sachen muß man aber immer noch übers AVR-Studio gehen.

Ist nur ein Workaround aber es funktioniert.