Hallo,
bei einem AVR kann es eigentlich nur an der Verkabelung liegen, wenn der heiss wird. (sofern kein interner Fehler vorliegt).

Welche Widerstände sind vor den LEDs, und welche LEDs wurden verwendet ?

Per Software ist es eigentlich nicht direkt möglich die Temperatur zu beeinflussen, abgesehen davon Ports zu schalten und evtl. einen Kurzschluss o.ä. zu verursachen.
Der AVR läuft immer mit 100% CPU-Leistung. Einen Stromsparmodus müsste man selber per Software einleiten.