Ich würde auch den Inkrementalgerbe auf den TMR2 legen. Da dieser nur vorwärts zählt, wird einfach 65536 - Anzahl der Inkremente, die zu erreichen sind in den TMR2 geladen. Ist die Sollinkrementezahl erreicht, wird Interrupt ausgelöst und der Motor angehalten. Da aber jeder Motor eine gewisse Trägheit hat, kann man den schon ab einem etwas kleineren Zählerstand langsamer werden lassen und dann beim Erreichen des Sollstandes ganz abstoppen. Dann düst er nicht so drüber hinaus und der Regler muß den nicht dauernd wieder zurückfahren.
Jedes Inkrement per Interrupt zählen würde ich nicht machen, da der PIC dann nur noch Interrupts bearbeitet und nicht viel anderes schafft.

Der beste Vorschlag ist der von Benedikt: einen kleinen Pic besorgen, der nur den Regler realisiert. Über I2C oder RS232 kann man dann den Sollwert rüberschieben und der Hauptprozessor kümmert sich um andere Dinge