äh der 16bit counter, hat ne funktion die dir in hardware zur frequenzbestimmung dient. ich weiß jetzt nicht welchen uC du hast, aber der atmega8 hat das sicher.

hierzu beachte man das kapitel: 16-bit timer/counter1 -> input capture unit

hier wird soweit alles in hardware erledigt nur noch register auslesen und mit dem 16bit wert rumrechnen