Wie die Fuses genau gesetzt werden müssen steht im Makefile zu den USBasp-Quellen. Mit avrdude kannst du diese dann setzen. avrdude wirst du in Zukunft eh benutzen müssen

Ein USB-Host/Hub erkennt AKAIK an der Größe der PullUp-Widerständen an D+ bzw. D- welche USB-Version ein Device kann. Zumindest bevor eine Enumerierung losgehen kann, danach geht's teilweise auch über die Device-Deskriptoren.

Ein USB 2.0 kann (bzw. sollte können) sich also auch mit USB 1.1/1.0 Geräten unterhalten.

Was dir rote LED genau bedeutet weiß ich net, müsste man ein Blick in die Quellen machen. Wahrscheinlich Probleme USB-seitig.

Der Quarz muss übrigens genau 12MHz sein. Das USB-Kabel sollte möglichst kurz sein (meins ist 1/2 Meter bei ansonsten fliegendem Aufbau).