Wenn du mehrere maked ainstalliert hast und nur "make" aufrufst, dann führt dein OS das erste make aus, daß es im Pfad (%PATH% oder $PATH) findet.
Üblicherweise hängen neue Programme beim Installieren ihr Verzeichnis vorne an PATH an. Dann kannst du einfach das make, das du haben willst, explizit aufrufen, also *mit* kompletem Pfad. c:\winavr-gedöns\util\make.exe oder so.