Wegen der 4-5cm sehe ich kein Problem. Die Breite einer LED und eines (zb) Phototransistors betragen etwa 5mm. Ein Paar bei 0cm, eines bei 5cm, warum sollte das nicht gehen?
Du musst nur dafür sorgen, dass die Photoempfänger nur das Licht EINER LED sehen können, zb durch eine Blende oder indem Du sie gegensätzlich montierst.