Hast Du schon einen Schaltplan im Eagle gezeichnet, und das Board dazu ist nicht mehr Konsistent, dann mach folgendes:

Speichere dein Projekt unter neuem Namen ab,
Schliesse die Fenster Plan (Schematic) und Board.
Dann lösche das Board (entweder im Eagle oder mit dem Explorer.
Öffne das Schematic neu und gebe Board ein.
Dann kannst Du mit dem Layout neu anfangen.

Und garNIEnicht in einem angefangen Projekt
eines der Fenster (borad oder schematic) schließen und mit dem anderen weiter Editieren, dann werden die Inkonsistent!