Hallo,
Deine Angaben sind für mich etwas ungenau.

>> Pin ---- 0 bis 40kOhm --- 100nF --- Masse

Das heisst wohl, vom Port geht es auf einen Widerstand, der die Werte 0 Ohm bis 40 KOhm annehmen kann.

Das RC-Glied wird über den Port aufgeladen

>> 3. Ich setze Pin auf hochohmig

Wie hochohmig ist er denn?
Wie wird das RC-Glied denn entladen?

>> 4. Ich lasse warten, bis Pin Low wird und lasse dabei zählen

Was füe eine Spannung wird gemessen?
# R+C gegen Masse?
# C gegen Masse?

Wie, durch einen anderen Port?

>> .. bis Pin Low wird ..
d.h. vermutlich, die Spannung am Port erreicht den Wert für logisch 0.

Hierbei ist zu beachten das logisch 0 oder logisch 1 nicht geau auf einen Wert fixiert ist, sondern einen Bereich abdeckt. Der Betrag der Spannung bei dem von 0->1 oder 1->0 gewechselt wird ist zudem unscharf (+- 0,3V??).

Will man präsize, wiederholbare Spannungsverhältnisse haben. so muss man einen Schmitt Trigger einsetzen.

Gruss Klaus.