Vorausgesetzt, Du hast eine brauchbare Mechanik an Deinem x-y-Tisch und einen festen Anschlag für (oBdA) die linke obere Ecke der Platine, brauchst Du nur einen Referenzpunkt.

Knifflig wird es natürlich, wenn Du nicht rechteckige, sondern z.B. runde Platinen hast. Dann würde ich so vorgehen, dass das Nullpunktkreutz mit auf die Platine geätzt wird (quasi als linke obere Ecke). Aus Position und Rotation des Kreuzes lassen sich dann die Koordinaten transformieren.