Du verwendest den Timer doch im CTC-Mode?.

Wenn überhaupt, sollte das TCNT1=0 an Anfang stehen und nicht am Ende der ISR, weil das ungenauer ist (das Ausführen der Funktionen braucht ja Zeit).

Die Uhrsache des Reset kannst du Übrigens im MCUSR (oder war's MCUCSR oder so) abfragen.