Ich hab es zwar noch nicht getestet, aber ich würde wetten, daß es egal ist.
Im Datenblatt steht, daß du ein InputCapture-Event auch dadurch auslösen kannst, wenn du den Port per Software setzt. Das bedeutet, daß der InputCapture unabhängig vom IO-Port arbeitet. Das ist aber nur eine Vermutung.

Gruß,
SIGINT