Ja ich kann die Strings am PC manipulieren wie ich will.

Das mit der Checksum hab ich mir auch schon überlegt. Start und Stopbyte bzw. Kommando brauche ich eigentlich nicht. Genau das wollte ich nämlich mit diesem 6-Zeichen-Code umgehen.
Win neuer String kann dann immer gesendet werden sobald N = 0 ist und muss immer mit dem 6. Zeichen enden, bzw. mit dem 7. als Nullbyte.
Wenn das allerdings weiterhin so Probleme macht wären Start- und Stopbytes eine Lösung, ja.

Wie hast du das denn gemacht, dass es zu keinem Bufferoverflow vom FIFO-Buffer kommt?
Ich werds demnächst mal so versuchen, dass der Mega an den PC Flags sendet, je nach Zustand des FIFO-Puffers. Ich muss nur noch schauen wie ich das in C# mache, dürfte aber kein großer Akt sein.
Wenn ich das habe ist ja schonmal gewährleistet dass der PC nur sendet wenn er auch darf, damit wäre schonmal ein Stein aus dem Weg.
Beim ATmega8 gibts ja so ein Register für den FIFO, dann wirds den beim 128 auch irgendwo geben.

Na, erst einmal Fasching feiern und morgen setz ich mich dann mal wieder hin