...Man müsste ja dann an zwei MOS-FETs den Spannungsabfall messen. Je nachdem in welche Richtung der Motor dreht.
Genau.

Wie ist das eigentlich mit so einer Stromüberwachung per Shunt? Läuft das dann über einen OP-Amp? Hat jemand mal einen Schaltplan für sowas?
kommt drauf an. Digital wird das über einen ADC gemacht. Der OpAmp wird nötig sein um den Messbereich des ADC anzugleichen.
Falls der Strom analog geregelt werden soll muss die Spannung natürlich anders weiterverarbeitet werden, z.B. als Ist-Wert für eine Regelung.

Gruß, Sonic