Da hast Du Dir ja was vorgenommen...

Verstehe nicht ganz, warum es kein ferngesteurtes U-Boot werden soll.

Ob Du Mittel und Möglichkeiten hast, Plexiglas zu verarbeiten, weiß ich nicht. Du hast ja schon eine Schutzbox mit Scharnier erwähnt. Ein Vorschlag von mir: Nimm eine fertige mittelgroße Installationsbox mit Klarsichtdeckel für das ganze U-Boot. Ist halt nicht so stromlinienförmig. Aber schnellfahren ist eh gefährlich - denk daran, da muß man schon heftig schlucken, wenn sich das Ding im trüben Baggersee verfährt. Eine Box mit Schutzart IP67 sollte für nen halben Meter Wassertiefe einen Versuch wert sein.
Display ist trocken unter dem Klarsichtdeckel. Folientastatur oben drauf, und großflächig glatt durchsichtige Klebefolie drüber. Das ist dicht. Serielle Verbindung und Ladebuchse etc. unter Löcher im Deckel platzieren, Löcher für die große Fahrt mit Klebeband abdecken - sollte dicht sein.

Ich würde auch ein normalerweise knapp schwimmendes Boot über schräggestellte Schrauben nach unten drücken. Ein bei stillstehenden Motoren von selbst auftauchendes Boot ist ungeheuer vorteilhaft...