du musst halt aufpassen wie du den timer einstellst, prescaler zum beispiel.

dann kannst du dir aus der F_CPU und prescaler die zeit ausrechnen die er braucht um einmal bis 0xFFFF zu zählen, es kann unter umständen sein das dir die auflösung dann zu grob ist.

z.b. F_CPU 8MHz Prescaler 1024 -> 8,38 sekunden für einen overflow

sprich du hast ne auflösung von 8,4 sekunden das kann unter umständen zu grob sein

einfach das zählregister vorbelegen zb mit dem startwert 0xFE78 dann bekommst nen overflow alle 50ms das zählregister aber in jeder ISR wieder mit dem startwert belegen.