Hallo,
wenn Du TWI benutzt, musst Du dich nicht um die Richtungsregister kümmern, das TWI-Modul macht das alles selber.

Damit der Leitungspegel passt, muss das TWI-Modul immer in einem bestimmten Status sein, bzw. auf die richtige Aktion reagieren damit es weitergeht, und der AVR nicht den Bus blockiert.

Wenn Du was messen willst,
wenn nix los ist, müssen beide Leitungen high sein, wenn Daten übertragen werden kann man auf der Taktleitung SCL alle Bits incl. ACK/NACK rauszählen, also 9 Takte pro Byte. Auf der Datenleitung sieht man das entsprechende Datenbyte, wenn mehrere 0-Bits kommen, ist die Leitung eben solange low.