Meine Vorschläge/Gedanken:

An die I2C-Leitungen noch jeweils einen Pullup (5k - 10k),
Die Belegung der I2C-Buchse nach einem Standard machen, denn wenn Du mal etwas fremdes anstecken willst, musst immer umlöten,
ich mach das immer nach dem RN-Standard (wird nicht nur bei RN verwendet), im Wiki:
https://www.roboternetz.de/wissen/in...N-Definitionen
Die Spannungen per Jumper zum deaktivieren.

Die Pullups bei den ADC-Eingängen sind auch nicht Grundsätzlich von Vorteil, denn nicht alle Sensoren brauchen das, zur Not kann man noch den internen per Software aktivieren.

Hab mir mal den Plan vom RN-Mega2560 angeschaut, da ist an AREF schon ein Kondensator dran, auch die Spule zum AVCC, dann braucht man hier nix mehr extern zu machen.
Auch an jedem Vcc ist schon ein Kondensator dran.
Bei Reset nur ein Schalter, passt auch.

Da Du noch ADC-Eingänge frei hast, kannst Du per Spannungsteiler die Batteriespannung auf einen legen, um diese zu kontrollieren.

Aja, zu den LEDs, wenn eine 20mA hat, sind das bei den 4 schon 80mA, must mal den Gesamtverbrauch anschauen, evtl. doch andere LEDs verwenden mit 2mA !

Bei Deiner Beschriftung steht "Mega2660Modul", da hat sich wohl schon der Frank verschrieben